Sistem yang digunakan pada hari ini merupakan sebuah sistem yang dibentuk semasa Kerajaan Meiji pada bulan Julai 1871 berserta Pemansuhan Sistem Han dan pembentukan sistem wilayah (廃藩置県, haihan-chiken). Walaupun pada asalnya terdapat lebih daripada 300 wilayah, kebanyakkan adalah bekas kawasan han, yang akhirnya bilangan ini telah dikurangkan kepada 72 buah wilayah kemudiannya pada tahun yang sama. Pada tahun 1888, bilangan wilayah ini telah dikurangkan lagi kepada 47 buah wilayah. Undang-undang Autonomi Tempatan tahun 1947 telah memberikan kuasa yang lebih besar dalam politik dan membentuk gabenor wilayah dan parlimen wilayah.

Pada tahun 2003, Perdana Menteri Junichiro Koizumi telah mencadangkan bahawa wilayah yang ada diperkukuhkan lagi dengan mengubah kepada 10 buah kawasan negeri. Rancangan yang dikemukan adalah bertujuan setiap kawasan mempunyai kuasa autonomi yang lebih kuat daripada sebelum ini.[1] Proses ini akan menyebabkan bilangan kawasan pentadbiran subwilayah dikurangkan dan kos pentadbiran dapat dikurangkan.[2] Kerajaan Jepun juga mempertimbangkan cadangan tentang bagaimana beberapa kelompok wilayah ini akan digabungkan, membuat bahagian pentadbiran subnasional yang mengandungi antara 9 dan 13 buah negeri dan memberikan negeri-negeri ini lebih kuasa autonomi temapatan berbanding sebelum ini. Sehingga September 2009, tiada pengorgasiaan semula telah dibuat.